Un equip de l’Institut Hospital del Mar d’Investigacions Mèdiques (IMIM-Hospital del Mar) ha liderat en desenvolupament d’una base de dades en línia que pot predir l’impacte de les mutacions del SARS-CoV-2 en les proteïnes que conté i també, l’afectació que tindran en les vacunes. Anomenada SCoV2-MD conté informació detallada de l’estructura del virus i les proteïnes que el formen, amb 360Gb de dades sobre aquest patogen.
Amb la majoria de les 29 proteïnes que formen part del virus incloses, es podrà predir l’evolució de les mutacions i l’efecte que tindran en els anticossos generats per les vacunes. Així, es podrà conèixer amb un grau de detall “mai vist” l’estructura de la proteïna espiga, com funciona i com pot evolucionar.
Aquestes proteïnes moleculars són bàsiques en el funcionament de les cèl·lules. En els virus, controlen la capacitat d’infecció dels éssers humans i la propagació pel seu organisme. En el cas de la proteïna espiga, és la que forma la “corona” dels coronavirus. Amb aquesta nova eina, qualsevol investigador podrà accedir a la base de dades en línia i gratuïtament, i veure l’estructura de les proteïnes del SARS-CoV-2 a nivell atòmic gràcies a simulacions de dinàmica molecular. També es podrà accedir a les prediccions de com es comportarà cada àtom de la proteïna segons les lleis de la física i obtenir un model en tres dimensions del seu comportament. Així fins a 252 simulacions que preveuen quin impacte tindran les mutacions en les proteïnes del coronavirus.
Gràcies a aquesta eina, s’espera que els investigadors puguin desenvolupar nous tractaments i vacunes contra la Covid-19, i fins i tot serà més fàcil predir si les seves mutacions afectaran la capacitat dels anticossos que formen les vacunes per reconèixer el patogen i activar les defenses del cos perquè el destrueixin. Una passa més en la lluita contra el virus.
